人と共に八百万の神々が生きる神話の世界。6年ぶりに、国を治める秘女王の交代の儀式が行わるが、女の子に恵まれなかった秘女族では、男のアラタが女装して儀式に出ることに。ところが、秘女王の臣下である十二神鞘の革命に巻き込まれ、アラタは秘女王殺しの罪を着せられる。そして逃げこんだ森で巨木に飲み込まれてしまい…